يعود الاختلاف إلى سببين الأول من الناحية التركيبية والآخر من الناحية الوراثيةأما من الناحية التركيبية، فالأفراد ذوي العيون الزرقاء تحتوي قزحية العين لديهم على طبقتين فقط ،بينما الأفراد ذوي العيون الملونة تحتوي القزحية على الطبقتين بالإضافة إلى طبقة ثالثة تكسب العين لوناً غير الأزرق، ونلاحظ التدرج والاختلاف في لون العيون الملونة بسبب اختلاف كثافة وسماكة المادة الرغوية الموجودة بين طبقات القزحية لذا نجد التدرج في لون العينأما من الناحية الوراثية فنجد أن العيون الملونة طرازها الجيني AA أو Aa حيث أن الصفة السائدة للعيون الملونة ورمزها A وإذا اجتمع جين سائد مع آخر متنحي ينتج فرد عيونه ملونه وأما الأفراد ذوي العيون الزرقاء يحملون طرازاً جينياً هو aa حيث يتوجب اجتماع جينين متنحيين لظهور اللون الأزرق للعين جميع الخلايا الملونة في بؤبؤ العين لونها واحد هو اللون الاسود فقط واختلاف لون العين تسببه أختلاف مقادير هذه الخلايا السوداء في العين من حيث:عددها وكيفية توزيعها في قزحية العين من الداخل والخارجقزحية العين يحدد لون قزحية العين العوامل الوراثية التي تحدد كمية الصبغة الموجودة بالقزحية , ففي حالةعدم وجود صبغة بالقزحية يكون لون القزحية وردىpink, وعندما تكون الصبغة قليلة يكون لون العين أزرقblue , وعندما تزيد كمية الصبغة أكثر يصبح لون العين أخضرgreen , ثم بنى فاتح light brown , ثم بنى غامق dark brownونادرا ما يختلف لون عين في نفس الشخص عن لون العين الأخرى أو يختلف لون جزء من القزحية عن بقية القزحية في نفس العين, وفى العادة فإن ملاحظة هذا الاختلاف يكون منذ الولادة, وبالرغم من ذلك فإن بعض الحالات المرضية قد تسبب هذا الاختلاف فيما بعد و اختلاف لون القزحيه لوجود صبغة (الميلانين) بها و المسئوله عن اللون كما ذكرنا فتوجد اللون الاخضر والعسلى والبنى اما العين الزرقاء فلا لون لها لذا تنعكس للرائى وكانها زرقاء نظرا لسقوط الضوء عليها وما اللون الازرق للعين الا خيال وهم